소수의 비구승들은 조선불교 선리禪理 참구원(지금의 선학원)을 설립하여 비구승의 수행처를 건립하고, 이 곳을 중심으로 하여 종풍의 중흥을 도모하고 정화운동을 전개하였다. 1996년 6월에 원로 비구 스님들이 회동하여 교단 정화 대책위원회를 구성하고 8월 제1차 전국 비구승 대표자 대회를 소집하여 정화운동의 기본 방침을 결정하였다.
제2차 전국 비구승 대표자 대회가 같은 해 9월에 열려 새 종헌이 채택되고 종정에 만암스님, 부종정에 동산스님 등 지도층을 선출하였다. 뒤에 방법론을 두고 갑론을박이 촉발되었고 그로 인해 나타난 정화의 후유증은 지금도 계속되고 있다. 이 점을 거울 삼아 앞으로의 개혁 과정에서도 후속 조치등에 대해 충분한 검토가 있었으면 한다